Organi Pokreta su skupština, predsedništvo, predsednik, veliki odbor, savet organizacija, sekretar i izvršni direktori.
Skupštinu Pokreta čine svi članovi. Članovi Pokreta su u skupštini predstavljeni preko predsednika lokalnih kancelarija.
Predsedništvo je organ Pokreta koji utvrđuje pravce aktivnosti i vrste mera za ostvarivanje ciljeva Pokreta (vodi politiku Pokreta).
Predsedništvo Pokreta slobodnih građana čine:
Predsednik Pokreta je po funkciji član predsedništva i rukovodi njegovim radom. Izabrani predsednik Pokreta slobodnih građana je Saša Janković.
Veliki odbor je savetodavno telo koje čine predsednici odbora i kancelarija.
Odbori su tematski oblici organizovanja unutar Pokreta. Njihova svrha je specijalizacija zarad efikasnijeg ostvarivanja ciljeva Pokreta.
Trenutno su formirani:
Kancelarije su teritorijalni oblici organizovanja. Njihova svrha je decentralizacija zarad efikasnijeg ostvarivanja ciljeva Pokreta.
Okružne kancelarije su:
Lokalne kancelarije su:
Savet organizacija je savetodavno telo koje čine predstavnici organizacija koje su se pridružile Pokretu.
Do sada su se Pokretu pridružile: