Organi Pokreta su Skupština, Predsedništvo, Predsednik, Izvršni odbor, Politički savet, Savet organizacija, Veliki odbor i Omladinska organizacija.
Skupštinu Pokreta čine svi članovi. Skupština se redovno sastaje jednom godišnje. Članovi Pokreta su u skupštini predstavljeni preko predstavnika lokalnih teritorijalnih organizacija.
Predsedništvo je organ Pokreta koji utvrđuje pravce aktivnosti i vrste mera za ostvarivanje ciljeva Pokreta.
Predsedništvo Pokreta slobodnih građana čine:
Predsednik Pokreta je po funkciji član predsedništva i rukovodi njegovim radom. Izabrani predsednik Pokreta slobodnih građana je Saša Janković.
Izvršni odbor je izvršni organ Pokreta, koji čine Predsednik i članovi Izvršnog odbora izabrani od strane Predsedništva na predlog Predsednika Pokreta.
Politički savet je primarni savetodavni organ Pokreta koji čine pojedinci istaknuti u poljima svog društvenog angažmana.
Savet organizacija je savetodavno telo koje čine predstavnici organizacija koje su se pridružile Pokretu.
Do sada su se Pokretu pridružile:
Veliki odbor je savetodavno telo koje čine predsednici odbora i kancelarija.
Odbori su tematski oblici organizovanja unutar Pokreta. Njihova svrha je specijalizacija zarad efikasnijeg ostvarivanja ciljeva Pokreta.
Kancelarije su teritorijalni oblici organizovanja. Njihova svrha je decentralizacija zarad efikasnijeg ostvarivanja ciljeva Pokreta.
Trenutno su formirani:
Članovi Pokreta mlađi od 30 godina učestvuju u radu Pokreta i kroz Omladinsku organizaciju, prilagođenu specifičnim zahtevima mladih.